Rozmieszczenie gatunków zwierząt na obszarze TANAP-u warunkowane jest względami geograficznymi, klimatycznymi, występowaniem roślinności i działalnością człowieka. Żyją tu gatunki typowe także dla innych obszarów górskich Europy. W Tatrach występuje 8 gatunków płazów, 3 gatunki gadów, 115 gatunków ptaków i 42 gatunki ssaków.

Do endemicznie tatrzańskich gatunków należy kozica (Rupricapra rupricapra tatrica), nornik śnieżny (Microtus nivalis) i ryjówka górska (Sorex alpinus). Typowe ptaki górskich lasów to między innymi: dzięcioł trójpalczasty (Picoides tridactylus), orzechówka (Nuciphraga caryocatactes), sowa włochata (Aegolius funerus) i drozd obrożny (Turdus torquatus). Z gryzoni spotkać można smużkę (Sicista betulina).

Tatrzańskie lasy zamieszkują typowe gatunki karpackiej fauny, takie jak jeleń (Cervus elaphus), sarna (Capreolus capreolus), dzik (Sus scrofa) i wielkie drapieżniki - niedźwiedź (Ursus arctos), wilk (Canis lupus), ryś (Lynx lynx). Zwierzęta te spotyka się głównie latem wysoko nad górną granicą lasu aż do piętra subalpejskiego i alpejskiego.

Z leśnych kuraków spotkamy tutaj głuszca (Tetrao urogallus), cietrzewia (Tetrao tetrix) i jarząbka (Bonasia bonasia). Z ptaków drapieżnych pojawiają się orzeł przedni (Aquila chrysaetos), myszołów (Buteo buteo), jastrząb (Accipiter gentilis), sokół pustułka (Falco tinnunculus). Sowy reprezentują między innnymi puchacz (Bubo bubo) i sóweczka (Glaucidium passerinum) - największa i najmniejsza z sów występujących na Słowacji i w Polsce. Z licznych gatunków ptaków śpiewających występują: zięba (Fringilla coelebs), gil (Pyrrhula pyrrhula), sójka (Garrulus glandarius), wiele gatunków sikor i inne.

Z ptaków na najwyższych obszarach można zaobserwować płochacza halnego (Prunella collaris), świergotka drzewnego (Anthus trivialis) i rzadkiego pomurnika (Tichodroma muraria). Przestrzeń powietrza nad graniami Tatr najczęściej biorą w posiadanie orzeł przedni i kruk (Corvus corax). Kruk obecnie należy do często spotykanych gatunków, podczas gdy na obszarze TANAP-u żyje zaledwie kilka par orłów.

W pobliżu górskich strumieni żyją: pluszcz (Cinclus cinclus), pliszka górska i siwa (Motacilla cirenea i alba), bocian czarny (Ciconia nigra), bocian biały (Ciconia ciconia) i rzadko spotykana wydra (Lutra lutra). Szczególnie na Szczyrbskim Jeziorze i Popradzkim Stawie w ostatnich latach licznie występuje kaczka krzyżówka (Anas platyrhynchos).

Najwyższe obszary, głównie subalpejskie i alpejskie piętro roślinności, zamieszkują charakterystyczne dla Tatr kozica i świstak (Marmota marmota latirostius). Ich liczebność w ostatnim okresie ciągle spada. W TANAP-ie znajduje się około 300 sztuk kozic i najwyżej 900 sztuk świstaków. Jest to stan krytyczny, wymagający zwiększonej ostrożności i ochrony.

Kozica (Rupicapra rupicapra tatrica), symbol Tatrzańskiego Parku Narodowego, zamieszkuje Tatry Zachodnie, Wysokie i Bielskie. Dorosłe osobniki tej górskiej antylopy mają 75-85 cm długości, 70-90 cm wzrostu, osiągają wagę 24-36 kg. Samice są nieco mniejsze. Dymorfizm płciowy nie jest wyraźny, obie płcie mają haczykowato zagięte rogi. Długa sierść przydaje zwierzętom mocnego wyglądu. Obszarem ich pochodzenia są Alpy, Pireneje, Apeniny i Kaukaz, a na Słowacji - Tatry Wysokie. Żyją na wysokości 150 - 4750 m n.p.m., w Europie tylko na wysoko położonych obszarach. Najaktywniejsze są o poranku i wieczorem. Okres rui przypada na listopad i grudzień. Pojedyncze młode rodzą się w maju i czerwcu. Dorosłe samce wiodą samotny żywot, podczas gdy samice i młode gromadzą się w małe stada. Czasem polują na nie rysie lub wilki.

Dla rytmu dziennego pożywiania się i odchowu młodych poważnym zakłóceniem jest pasienie trzody i niekontrolowany ruch turystyczny. Kozica jest chronionym, wymierającym gatunkiem, który można ocalić tylko poprzez kontrolowanie ruchu turystycznego i ochronę środowiska, w którym zwierzęta te żyją. Pomimo całorocznej ochrony, ilość kozic w TANAP-ie nigdy nie osiąga pięciuset sztuk, lecz wciąż spada.

Na terytorium TANAP-u grasują nieliczne stada wilków (Canis lupus). Wilk jest głównym drapieżnikiem atakującym duże zwierzęta kopytne, takie jak jeleń. Zamieszkują w Tatrach cały rok i tu też przychodzą na świat młode.

Ryś (Lynx lynx) jest największym kotem żyjącym w TANAP-ie, aktywnym drapieżnikiem atakującym zarówno jelenie, jak i kozice.

Jeleń szlachetny (Cervus elaphus) jest najliczniejszym z dużych kopytnych żyjących w TANAP-ie.

Dzik (Sus scrofa) jest zwierzęciem często spotykanym zarówno w Tatrach, jak i w całych Karpatach.

Myszołów (Buteo buteo) jest stałym mieszkańcem subalpejskiego piętra gór. Jest najliczniejszym spośród ptaków drapieżnych Słowacji. Często dzieli swój obszar życiowy z orlikiem.

Żmija zygzakowata (Vipera berus) jest jadowitym, najczęściej występującym w TANAP-ie wężem.